Ф. I Рукописи трудов членов Академии наук и другие документы, собранные в Архиве Конференции АН в XVIII и начале XIX вв. (“Связки Архива Конференции”)

Ф. II Рукописи трудов и отдельные документы, поступившие из рукописного отделения БАН в 1931 г., преимущественно на русском языке

Ф. III Рукописи трудов и отдельные документы, поступившие в Архив АН из Кабинета инкунабулов БАН в 1931 г., преимущественно на иностранных языках

Ф. IV Рукописи трудов и отдельные документы, поступившие в Архив АН от разных лиц и учреждений АН в XIX и XX вв.

Ф. IX Карты, планы, чертежи, рисунки, диаграммы и другие графические документы

Ф. V “Персоналия” - отдельные документы, относящиеся к жизни и деятельности членов АН и других ученых

Ф. VI Архивный экземпляр всех изданий Академии наук XVIII-XX вв.

Ф. X Собрание портретов членов Академии наук и других ученых, изобретателей, деятелей культуры – “Портретотека“ XVIII–XX вв.

Ф. XI Печати и штампы учреждений АН, вышедшие из употребления

Ф. XII Металлические гравировальные доски и клише

Ф. XIII Медали, слепки с медалей, имеющие отношение к истории АН и истории науки

Ф. XIV Предметы, вещественные приложения к хранящимся в Архиве документам